Prozesse im und am Boden sind eng mit der Wasserwirtschaft verknüpft. Die IST-Zustandserhebung der Gewässer (Grundwasser und Oberflächenwasser) erfolgt in einem umfangreichen Monitoring Programm entsprechend der Wassergüteerhebungsverordnung. Die Qualität des Grundwassers wird an den Vorgaben der Grundwasserschwellenwertverordnung gemessen. Grundwasser muß zum Zwecke der Wasserversorgung einheitlich in Österreich Trinkwasserqualität besitzen. Verunreinigungen des Grundwassers aus diffusen Quellen (landwirtschaftliche Bodennutzung) bedingen in manchen Grundwasservorkommen Österreichs Schwellenwertüberschreitungen, sodaß Grundwassersanierungsprogramme erforderlich werden. Am häufigsten überschritten werden die Parameter Nitrat, Nitrit, Atrazin und dessen Abbauprodukt Desethylatrazin. Unter Beachtung der EU-Vorgaben werden die wasserrechtlichen Rahmendingungen für Grundwassermonitoring, -bewertung und -sanierung dargestellt. Die Schutzmaßnahmen gegen diffuse Belastungen des Grundwassers werden aufgelistet, wobei auf den Handlungsbedarf der verstärkten Umschichtung von Förderungsmitteln (ÖPUL) zur Erziehung wasserwirtschaftlicher Effekte hingewiesen wird. Im Sinne einer Grundwassersanierung müssen jedoch auch z.B. Düngermengen unter die Richtwerte des Fachbeirates für Bodenfruchtbarkeit und Bodenschutz des Bundesministeriums für Land- und Forstwirtschaft reduziert werden. Bei Oberflächengewässern besteht die Problematik des Eindringens von Schadstoffen über die Bodenerosion in die Gewässer. Gewässerrandstreifenprogramme können diese Effekte reduzieren. Ein effektiver Gewässerschutz kann jedoch nicht ohne einen intensiven Bodenschutz erfolgen.
