Bei der Beurteilung von Auswirkungen gentechnisch veränderter Pflanzen wurden Bodenökosysteme bisher nur in Ausnahmefällen berücksichtigt. Die meisten der durchgeführten Untersuchungen beschränkten sich dabei auf Bodenarthropoden und andere wirbellose Tiere, wie Regenwürmer. Aber auch Mikroorganismen spielen in diesen Systemen eine wichtige Rolle, da sie durch den Abbau organischer Substanzen Nährstoffe für höhere Organismen verfügbar machen. So werden durch Remineralisation von hochmolekularen Substanzen Stickstoff- und Phosphorverbindungen freigesetzt und damit die Bodenfruchtbarkeit erhöht. Mikroorganismen stellen das basalste Glied in jedem Ökosystem dar. Aufgrund der hohen Diversität von Mikroorganismen und der Komplexität ihrer Stoffwechselleistungen ist eine umfassende Untersuchung von mikrobiellen Gemeinschaften aber sehr aufwendig. Die bisherigen Untersuchungen beschäftigten sich meistens mit dem Einfluß verschiedener Chemikalien, wie Pestizide oder Düngemittel, auf Stoffwechselaktivitäten und die Diversität von Bakterienpopulationen in unterschiedlichen Bodentypen. Meist wurden dabei kultivierungsabhängige Methoden verwendet. Da aber nur 1-10% der Bakterien kultivierbar sind, ist die Aussagekraft dieser Arbeiten stark eingeschränkt. Diversitätsuntersuchungen mit molekularbiologischen Methoden erfassen zwar die gesamte Bakterien- oder Pilzgemeinschaft, doch sind die Ergebnisse der Untersuchungen oft nicht vergleichbar, da unterschiedliche Methoden verwendet werden, und Bakteriengemeinschaften stark mit dem Bodentyp variieren. In einigen Arbeiten wurden auch mögliche Wechselwirkungen von gentechnischen veränderten Organismen (Pflanzen und Bakterien) mit Bodenmikroorganismen, vor allem in Laborexperimenten, anhand sogenannter Mikrokosmen, untersucht. Die meisten dieser Untersuchungen beschäftigen sich mit der Möglichkeit des horizontalen Gentransfers von gentechnisch veränderten Pflanzen auf Bodenbakterien. Die Ergebnisse von Untersuchungen zu Verschiebungen in der Diversität oder in den Abbauleistungen von Bodenmikroorganismen sind oft widersprüchlich, da Variationen der Umweltbedingungen (Bodentypen) den möglichen Einfluß von gentechnisch veränderten Organismen überdecken. In dieser Studie wird ein Überblick über Methoden gegeben, die für ein Monitoring der Auswirkungen des Einsatzes gentechnisch veränderter Pflanzen auf Bodenmikroorganismen eingesetzt werden können. Neben (bio-)chemischen oder mikrobiologischen Methoden, mit denen Parameter wie Keimzahl, Biomasse, physiologischer Zustand oder Stoffwechselaktivitäten erfaßt werden können, werden auch die in den letzten Jahren entwickelten molekularen Techniken zur Untersuchung der Diversität von Mikroorganismengemeinschaften im Boden behandelt. Dabei werden neben einer kurzen Beschreibung auch die Vor- und Nachteile dieser Methoden angeführt. Durch diese Darstellung soll eine Selektion von Methoden ermöglicht werden, die zur Untersuchung der jeweils relevanten Fragestellungen herangezogen werden können. Für jedes Monitoring von Bodenmikroorganismen, ob kurz- oder langfristig, ist eine klare Festlegung auf bestimmte Parameter und Versuchsbedingungen unbedingt erforderlich. Ein zu breiter Versuchsansatz würde zu Kapazitäts- und Finanzierungsproblemen bei der Umsetzung führen. Alle Untersuchungen sollten immer als direkte Vergleichsuntersuchung des beeinflußten und eines Kontroll-Systems, z.B. herkömmliche landwirtschaftliche Praxis, durchgeführt werden. Natürliche Schwankungen sind sehr groß, Daten aus früheren Untersuchungen können daher nicht übernommen werden.
