Etwa 75% der Pilzarten sind mehr oder weniger an den Wald gebunden. Im Hinblick auf Eichenmischwälder sind es vor allem der Habitatverlust (Bodenversiegelung), die intensive Holznutzung und die Veränderung der Baumartenzusammensetzung, die Pilzarten bedrohen. So sind viele Mykorrhizapilze und totholzzersetzende Arten (Xylobionten) auf bestimmte Baumarten und Standortbedingungen spezialisiert, und zum Beispiel auf das Vorhandensein alter Eichen angewiesen. Kahlschläge können dafür sorgen, dass Arten langfristig aus einem Bestand verschwinden. Weiters kann die Bodenverdichtung durch den Einsatz schwerer Holzerntemaschinen Myzelien in der Erde beschädigen und zum Verlust empfindlicher Pilzarten beitragen. Doch auch Folgen des globalen Wandels bedrohen Pilze. Durch die Verbrennung fossiler Energieträger und die Düngung von Ackerflächen geraten große Mengen an Stickstoff in die Atmosphäre, die in andere Lebensräume transportiert werden und dort zu einem Überangebot von Nährstoffen führen können (Eutrophierung). Diese Eutrophierung ist besonders für Mykorrhizapilze problematisch und wird als eine der Hauptursachen für den Rückgang vieler dieser Pilzarten gesehen.
