Die bayerischen Donauauen sind heute sowohl hinsichtlich ihrer ökologischen Funktion als auch für den Hochwasserschutz nur eingeschränkt funktionsfähig infolge Laufverkürzung der Donau und Reduzierung der Überflutungsauen durch Deiche sowie Staustufen. Aktuelle behördliche Planungen zum Hochwasserschutz bieten Möglichkeiten für die Umsetzung dringend notwendiger ökologischer Verbesserungen in den Donauauen, wenn Auenschutz und -reaktivierung gleichrangig sind. Gefahren bestehen durch einseitig technisch ausgelegte Planungen, v.a. durch technisch gesteuerte Polder. Nötig ist die Gewährleistung einer natürlichen Hydro- und Morphodynamik auf hinreichend großer Fläche sowie die Realisierung entlang der gesamten Donau (und ihres Einzugsgebietes). Deichrückverlegungen sind ein wesentlicher Bestandteil eines ökologischen Hochwasserschutzes. Nötig ist ein Konzept für ein integriertes gesamtökologisches Flussraum-Management für die Donau. Die Umsetzung muss koordiniert sein mit der Umsetzung europäischer Richtlinien (Wasserrahmen-, FFH-, Vogelschutz-Richtlinie). Große Potenziale für ökologischen Hochwasserschutz und Auenrevitalisierung bieten die großen Beckenlandschaften der Donau, dabei insbesondere die noch nicht staugeregelten Bereiche. Die Konzepte zur Renaturierung der beiden großen donaubegleitenden Moore "Schwäbische Donauried" und "Oberbayerisches Donaumoos" müssen vorrangig umgesetzt werden. Weitere Beeinträchtigungen der Donau und ihrer Auen, wie der weitere Bau von Staustufen oder technisch gesteuerte Polder aus Maximal-Wasserspeicher sind nicht nur aus ökologischer, sondern auch aus Sicht des Hochwasserschutzes negativ zu beurteilen.
